80-jarige oorlog en erna
Tijdens de 80e-jarige oorlog lag Terheijden op een strategische positie ten opzichte van Breda. De kerk werd toen afwisselend gebruikt als basis voor dan weer de Spaanse, dan weer de Hollandse troepen. Wie op dat moment de macht had, gebruikte ook de toren van de Antonius Abt als uitkijkpost. Afhankelijk ook van wie er aan de macht was, werd de kerk ‘gegeven’ aan de protestantse gemeenschap en dan weer teruggeven aan de katholieken.
Met de vrede van Munster in 1648 kwam de kerk officieel in handen van de gereformeerden en mochten er geen katholieke erediensten gehouden worden. De 70 à 80 protestante dorpsbewoners van Terheijden hielden hun viering in de kerk, de honderden katholieken namen hun intrek in schuurkerken.
Omdat er zo veel ruimte over was in de kerk door de kleinschalige protestante diensten, nam in deze tijd de dorpsschool intrek in deze zijbeuken. Vervolgens, tijdens de Franse bezetting van Nederland begin 1700 werd de kerk gebruikt als veldhospitaal en uiteindelijk aan het eind van de 18e eeuw ook nog als paardenstal.
In 1801 wordt de kerk, na jaren onderhandelen, weer in gebruik genomen als katholieke kerk en vinden hier de erediensten weer plaats.